Zgodovina virusov sega v drugo polovico 20. stoletja. Vendar se natančnejši podatki razlikujejo: nekateri trdijo, da so se prvi virusi pojavili v šestdesetih letih, drugi pa, da je šlo za leto 1981. Bistvo je, kaj natančno lahko štejemo za virus.
Prvi psevdovirusi
Ključna beseda pri opredelitvi virusa je "zlonamerna". Isti programi, ki jih imenujemo prvi virusi, računalniku niso škodovali. Bila je na primer računalniška igra "Žival", ki vključuje ugibanje živali in je zbrala nešteto oboževalcev. Avtor igre se je naveličal neskončnih prošenj uporabnikov, naj jim pošljejo to igro (leta 1974 pa to ni bila lahka naloga - igro je bilo treba posneti na magnetni trak in jo poslati po pošti). Zato je ustvaril podprogram "Pervade", ki je samostojno "potoval" od računalnika do računalnika in v vsakega posnel igro "Žival". Malo verjetno je, da je vsaj en računalnik trpel zaradi tega preprostega "presenečenja".
Creeper, predstavljen v začetku sedemdesetih let, je bil demo program na lastni pogon: ko je bila nova kopija Creeperja zagnana v novem računalniku, je prejšnja prenehala delovati. Njena naloga je bila le prikazati sporočilo "Jaz sem plazitelj … ujemi me, če lahko." Kasneje je bil napisan program Reaper, ki se je prav tako selil iz računalnika v računalnik in "lovil" Creeperja ter ga blokiral.
Nekoliko bolj nadležna in podobna pravemu virusu je bila pošast Cookie. Ta program je terminalu prikazal besedno zvezo "Daj mi piškotke" in ga blokiral, dokler operater ni vnesel besede "piškotek".
Pravi pionirski virusi
Za enega resničnih prvih virusov velja 15-letni šolar Elk Cloner za osebne računalnike Apple II. Prav tako ni vplival na delovanje računalnika, lahko pa je že nenamerno poškodoval diske z nestandardno sliko DOS, prepisal varnostne kopije, ne glede na njihovo vsebino. Po vsakem 50. zagonu je virus prikazal rimo, v kateri je pisalo, da je Elk Cloner program z osebnostjo, ki "bo prišel na vse vaše diske, v vse vaše čipe, se držal za vas kot lepilo in spremenil vaš RAM".
Njegov sodobnik Virus 1, 2, 3 je bil približno enak, čeprav se je pojavil neodvisno od Clonerja. Oba virusa sta bila ustvarjena leta 1981.
Kmalu se je začela doba resnično zlonamernih virusov, ki so se "preoblekli" v uporabne programe in uničili uporabniške podatke. Fred Cohen je celo napisal članek o datotečnih virusih - prva akademska študija na to temo. Prav Cohen velja za avtorja izraza "virus", čeprav je ta izraz predlagal njegov znanstveni svetovalec.
