Velika pomanjkljivost številnih mobilnih računalnikov je nekvaliteten hladilni sistem. Slabo delovanje ventilatorjev lahko povzročijo številni neodvisni dejavniki.
Glavni razlog za pregrevanje mobilnega računalnika je slaba kakovost integriranega hladilnega sistema naprave. Ventilatorji v ohišju mobilnega računalnika zraka ne hladijo sami. Zagotavljajo le dotok hladnega zraka od zunaj in s tem znižujejo temperaturo nekaterih naprav. Operacijski sistemi, ki se uporabljajo v mobilnih računalnikih, imajo posebne funkcije, ki nadzorujejo parametre delovanja določene opreme. To je potrebno za dolgo življenjsko dobo baterije prenosnika. Žal se energija pogosto prihrani z zmanjšanjem moči hladilnikov. To lahko privede do pregrevanja nekaterih naprav. Če se znotraj ohišja prenosnega računalnika in na lopaticah ventilatorja nabere velika količina prahu, to znatno zmanjša stopnjo konvekcije zraka v računalniku. To je zelo pogost vzrok za pregrevanje takšne opreme. Poleg tega lahko nepravilna uporaba računalnika povzroči dvig temperature v mobilnem računalniku. V spodnji in stranski ravnini ohišja so običajno prezračevalne luknje. Nekateri so zasnovani tako, da omogočajo prodor zraka v notranjost ohišja, drugi pa so namenjeni odvajanju. Če prenosnik na primer položite v naročje, lahko blokirate pomembne prezračevalne luknje. Stara termična mast na CPU in grafični kartici lahko povzroči pregrevanje vašega prenosnika. Običajno se v takih primerih lokalno zviša temperatura posameznih naprav. Da bi preprečili pregrevanje mobilnega računalnika, morate pravilno konfigurirati načrt napajanja, pravočasno očistiti ventilatorje in notranjost računalnika. Če ta sredstva ne pomagajo, uporabite hladilno blazinico z vgrajenimi hladilniki.